В январе 1918 года Кубанской краевой войсковой радой во главе с Николаем Рябоволом на землях бывшей Кубанской области была провозглашена независимая Кубанская народная республика как часть будущей Российской федеративной республики. Но уже в феврале 1918 года Кубань провозглашена независимой самостоятельной Кубанской народной республикой. 23 февраля 1919 года Кубанская Законодательная Рада приняла, а войсковой атаман Александр Филимонов утвердил постановление о создании официального флага республики.

Флаг состоял из полос трех цветов, расположенных горизонтально. Он был создан на основе уже имеющегося флага города Екатеринодара, центра Кубанской народной республики. Документально значение цветов триколора прописано не было, поэтому доподлинно не известно, какой смысл вкладывали в них создатели.  Предполагается, что синий цвет символизировал «донцов», участвовавших в заселении края; малиновый – «цвет запорожцев», основателей Кубанского (бывшего Черноморского) казачьего войска; зеленый – «цвет горцев».

Флаг молодой республики, как сама республика, просуществовал всего год. Потом на долгие годы над Кубанью развивался только один флаг – красный стяг с серпом и молотом, символ Советского союза. Новый этап истории кубанского триколора наступил только в 1993 году. На праздновании 200-летия Краснодара над городом впервые вновь подняли кубанский флаг, а в 1995 году он стал официальным символом региона.

Очередное изменение в облик флага Кубани законом было внесено 28 июня 2004 года. В герб, расположенный в центре флага, добавились княжеская корона и лента ордена Ленина. Кроме того, с герба исчезли изображения золотых ветвей и Александровской ленты. Именно в таком виде мы знаем современный герб, расположенный на полотне флага Кубани.